凡例
| 1 - 光源（レーザ） | 4 - 試料 |
| 2 - ダイクロイックミラー | 5 - ピンホール |
| 3 - 対物レンズ | 6 - 検出器 |
共焦点検鏡の大きな利点は、1つの平面からの光だけを集められることです。焦点と共役平面にある（i.e. 共焦点）ピンホールは、焦点面以外からの光を検出器させないようにします。レーザスキャン顕微鏡は試料を点ごとに、線ごとに逐次スキャンし、ピクセル情報を集めて1つの像にします。焦点面をずらして光学切片像を集め、3Dスタックをつくります。このスタックはあとでディジタル処理されます。
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