Imaris

Imarisは、レーザー顕微鏡、光学顕微鏡ベースのセクショニングシステム、あるいはデコンボルーション処理などで得られた 3D/4D画像データを視覚化するために必要な機能を全て備えた基本ソフトウェアです。

任意の視点から素早く様々なタイプの立体像を構築できます。異なるレンダリングの立体・平面像を組み合わせて同時に表示することもでき、表現力は無限です。また、作成した立体像からは、シンプルな回転から複雑な動作の動画まで簡単に作成することができ、QuickTime や AVI 形式で保存が可能なので効果的なプレゼンテーションに利用可能です。

• 2D画像上でのポイント指定による手動測定
• Region Growing によるオブジェクトの自動分離
• 任意の位置、角度で3D像をカットし内部観察

3D画像の様々な測定を行い、Imaris で構築した像から統計データを導き科学的な定量化をするオプションモジュールです。

形状、大きさ、輝度の測定を行い、測定値に基づいた分類や分離したオブジェクトのフィルタリングなどが可能です。

• 3D 画像中でポイント指定による 2 点間距離、クリックによる個数カウント等の手動測定
• 輝度値を指定して測定部分の 3D 画像構築、各種パラメータの自動測定
• 統計値の計算と出力
  

Imarisで分離された細胞、分子、核酸、脂質ないしその他多くの粒状オブジェクトの時間軸の軌跡を、2D / 3D画像中で捉えて解析するオプションモジュールです。

輝度値や大きさから対象となるオブジェクトを自動認識し、移動量や移動速度を測定、その軌跡を画像中に表示します。対話式にクリックした単一オブジェクトのトレースができます。また各々のオブジェクトの分裂や融合、重なり状態等もトレースすることが可能です。

• 様々な動きのオブジェクトをトレースするためのアルゴリズム
• 軌跡の視覚化を効果的にする複数の表現手法
• Measurement Pro との組合せでパラメータ測定、色によるコーディング

多重蛍光画像データの共局在解析を行うオプションモジュールです。

スライス画像を確認しながら、輝度プロファイルまたは 2D ヒストグラム上で局在部分を指定します。指定された領域は新しいチャンネルとしてボリューム情報に追加され、擬似カラー表示することができます。 また、Imaris の機能を用いて立体的に局在部を解析することが可能です。

• 共局在ボクセルの2D / 3D / 4D画像中での選択（手動、半自動、自動）
• ヒストグラム、散布図による共局在領域の確認と選択
• 散布図は全てのタイムポイントのデータ表示可能
  

神経、微小管、血管等、フィラメント構造のオブジェクトを自動検出し分岐状態の解析を行うオプションモジュールです。

設定した輝度値を元に自動検出し、3Dモデルの作成、計測を行います。自動で検出できない部分は、2D画像を確認しながら手動でトレースを行い、精度の高い3Dモデルを作成することが可能です。作成したモデルは Imaris で作成した 3D像と重ね合わせて確認できます。またモデルは分岐点毎に分割され、セグメント長や体積、平均径、分岐点の数などのセグメント単位での解析が可能です。（Measurement Pro が必要です）

• ウィザード化された検出手順
• フィラメントの中心軸を自動認識
• 手動から自動まで4種類のトレース法をサポート
• スパインを自動識別し各々の分岐点、終端を検出

ウィザード形式のメニューで、細胞と核などをボクセル、小胞はスポットとして抽出するオプションモジュールです。

これらのオブジェクトはサーフェスレンダリング処理をして表示できます。Imaris Cellはこれらのオブジェクトの2D/3D/4Dでの解析を可能にするプラットフォームを提供します。細胞や細胞集団単位での定量化により、オブジェクト間の関係を解析することができます。

• ウィザードによるオブジェクト抽出
• 細胞間の相互作用の解析
• 細胞内器官の相互作用の解析
• 統計値取得（Measurement Pro が必要）
• 時間軸方向の解析（Track が必要）

Box and whisker plotを用いて、データを比較・対照することができるオプションモジュールです。

画像データ（オリジナル／抽出）を５次元に視覚化することにより、複雑でダイナミックな現象の解釈を助けてくれます。 Imaris Vantage は、完全にカスタマイズできる注釈でシリーズの構築をすることで多次元でオブジェクトが多数ある画像から必要な部分を切り出すことを可能にし、算出されたパラメータ、オブジェクト、オブジェクト群の間の隠れた関係、関連性の理解を助けます。

Measurement Pro と連携し、膨大な統計値にアクセスし、計算された主要統計値を画像中のオブジェクトに注釈として装入することができます。これらの注釈は 3D/4D画像中の好きな箇所に入れることができ、資料作成が容易になります。

• 図の作成と対話式ナビゲート
• 図の基となる数値テーブル
• 注釈の挿入と注釈付き画像の作成
  

Imaris とは別に起動し、登録された処理ステップを指定したデータセットに対して自動的に実行するオプションモジュールです。

Imarisで実行した2D/3D/4D画像の処理を複数の画像データに対して繰り返し行わなければならないときに Imaris Batch は時間を節約してくれます。

• 各種の処理が自動で可能（入力、画像処理、スポット・サーフェスの検出・トレース、統計値保存）
• Imaris で対話式に処理したステップを “Batch Job” として登録したものを使用