ZEISS CZI 画像ファイルフォーマット

CZI

顕微鏡画像のフォーマット

CZI

Image format for microscopes

データをひとつのファイルに収め、安全で再現性を確保。

ZEISSのCZI画像フォーマットは、多次元画像、タイムラプス画像、Z-スタック画像等、様々な画像のタイプに関するすべての情報を保存します。

フォーマットには、その画像データに関連する情報がすべてひとまとまりのファイルとしてグループ化されます。顕微鏡の設定、露出時間、使用した蛍光色素などの付随するメタデータも含まれます。

これらの情報はつねに利用可能で、いつでも同じ条件を再現することができます。CZI フォーマットは ZEN の製品群のなかで互換性を持つだけでなく、様々なオペレーティングシステムで動作するソフトウェアとも互換性があります。

  • OME Bio-Formats / OMERO
  • Fiji & ImageJ
  • Python (via python-bioformats or czifle.py)
  • CellProfiler
  • Icy
  • KNIME
  • MATLAB
  • Visiopharm
  • Imaris
  • Da-Cons
  • HS-Analysis
  • arivis Browser / arivis Vision4D
  • MicrBrightfeld
  • Indica Labs
  • Image Pro
  • Amira
  • Definiens
  • microDimensions
  • Orbit
  • QuPath
  • digitallabware

常にメタデータが利用可能

画像に加えて、以下のメタデータがファイルとともに格納されています

  • 取得日、キーワード、ユーザのコメント
  • 顕微鏡の種類と設定
  • レーザまたは照明強度
  • キャリブレーション情報およびスケールバー
  • 使用された検鏡法および対物レンズ
  • 蛍光色素およびフィルタ
  • ステージ(x、y)およびフォーカス(z)ポジション
  • 露出値、ビニング、ビット数(階調)、ピクセルドゥエル時間等、カメラおよび検出器パラメータ
  • 自動またはユーザ指定のグラフィック要素および注釈
  • サンプルバーコード情報

画像データは何年経過しても同じ条件の下で常に再現性を維持していることを表しています。

画像を共有する必要がある場合、 ZEN lite ソフトウェアを使用すれば、CZI フォーマットで画像表示や処理が可能です。

また、他のソフトウェアプログラムでCZI画像を処理、解析する場合には、ZEISS の CZIファイルフォーマットドキュメンテーションを利用します。

 

CZI 開発者フォームにご登録後、ドキュメンテーションライセンスをご登録ください。登録完了後にドキュメンテーションを送信いたします。

CZI Format License Request 登録はこちら(英語)

 


開かれた研究のためのオープンソフトウェア

ZEISS ZEN ソフトウェアおよび顕微鏡イメージングワークステーションは、64ビット Microsoft Windows プラットフォームで実行するようにデザインされています。その他、Mac OS X または Linuxのような他のOSで実行するためのサポートとして、パートナープロジェクトおよび企業からの協力 により相互運用のためのドキュメンテーションをご提供いたします。

ソフトウェア ZEN ならびに ZEISS 顕微鏡システムにより作成された画像は、 それら情報をフルに記録したファイルフォーマット CZI に格納されています。 Windows 以外のプラットフォーム上でこのフォーマットを使用して作成された画像データを表示および処理するような場合には、 ImageJ および ImageJベースの Fiji ソフトウェアパッケージ のプロジェクトのホームページをご参考いただくことを推奨しています。

これらはオープンソースのイメージングプログラムですでにコンパイル済みのインストレーションファイルは、解析や処理のための数多くのプラグイン同様、Mac OS X および多くの Linux ディストリビューションに利用可能です。 CZI 画像やメタデータのインポートは、 Open Microscopy Environment の Bio-Formats プラグイン でサポートされています。

 

カールツァイスマイクロスコピーからはこれらのアプリケーションに対していかなる種類のレベルのユーザサポートも行っておりませんので、ご理解のほどよろしくお願いいたします。

カールツァイスではオープンソフトウェアプロジェクトとコミュニティ向けに、選択された顕微鏡製品に対して、開発者レベルのアクセス、ドキュメンテーション、SDKの配布 を行い、サポートしています。

 

CZI Format License Request 登録はこちら(英語)

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